Luego de haber sido elegido como miembro del Reichstag de Weimar con una nominación por el NSFP (partido auxiliar del NSDAP durante su prohibición) tras asentarse en Berlín en 1924, Röhm empezó a frecuentar burdeles homosexuales, particularmente el Kleist-Kasino y club Eldorado. Para 1929, Röhm se afilió al Bund für Menschenrecht (Liga por los Derechos Humanos), asociación homófila que abogó por la descriminalización de la homosexualidad en la República a la par que se reincorporaba al movimiento nacional-socialista.
Ernst adopta entonces un tono ambivalente en cuanto a su orientación sin llegar nunca a ocultarla, tratándose pues de un secreto a voces. Se descubre a sí mismo como «atraído al mismo sexo» y suele hacer mención de su adversión por la mujer. Röhm alabó la disciplina masculina de la tradición militar alemana a la vez que se oponía al orden y la respetabilidad burguesa del ejército al que consideraba de naturaleza endeble y amanerada, descalificando incluso a los homosexuales afeminados en oposición a los postulados del sexólogo judío Magnus Hirschfeld que comprendía la homosexualidad masculina como una pulsión implícitamente femenina, sosteniendo una visión de las relaciones eróticas entre varones que partía del concepto de «Männerbund» (asociación masculina) desmarcado de todo lo femenino.
A sí mismo, Röhm desprecia la feminidad y lo mujeril desde una profunda misoginia: «Los tiempos de grandeza y poder estatal, los períodos de lucha, nunca han tolerado un puesto destacado para la mujer.»
La identificación de Röhm y su entendimiento con elementos izquierdistas y revolucionarios aún luego de la llegada al poder del partido en la primavera de 1933 generan controversia entre la jefatura del NSDAP, alejándole de la militancia del partido. En medio de su disputa política por la doctrina de mando de las SA, surge el llamado Escándalo de Röhm, luego de que su figura fuese objeto de escarnio público a causa de la publicación tres de sus cartas al sexólogo Karl-Günther Heimsoth —miembro homosexual del NSDAP— en que se discute la vida privada de Röhm en el diario de izquierda Münchener Post como parte de una campaña de difamación por parte del Partido Socialdemócrata de Alemania (SPD) y el Partido Comunista de Alemania (KPD) entre 1931–1932.
En dicha correspondencia, Röhm asegura a Heimsoth que combatiría el artículo 175 que penaba las prácticas homosexuales y explora los distintos aspectos de su inclinación, además de expresar su deseo por subir el tono de sus declaraciones. Heimsoth va un paso más allá y sugiere a Röhm el normalizar la homosexualidad entre miembros del NSDAP de llegar a hacerse con el poder del partido. Es importante destacar que la homosexualidad de Röhm no era ningún secreto entre los mandos del NSDAP y los hombres de las SA.
Si bien algunas personalidades del partido desaprobaban la vida privada de Röhm —Rosenberg, Hess, Buch, Stennes, Himmler—, aquello no representó un problema grave para su participación en el movimiento, contando con el apoyo de figuras como Heydrich, Esser y el mismo Hitler. Durante este suceso, Hitler se colocó inequívocamente a la defensa de Röhm dentro y fuera del NSDAP declarando que la vida privada de un nacional-socialista era sólo motivo de preocupación cuando ésta entraba en contradicción con los principios fundamentales del movimiento. Hitler se dirigió a Kurt Lüdecke diciendo que las preocupaciones sobre la homosexualidad de Röhm eran «irrelevantes y absurdas (...) alejadas de sus grandes logros, sé que puedo depender en él.»
A su fotógrafo personal, Heinrich Hoffmann, hombre a través del cual Hitler conoció a Eva Braun, Hitler comentó que: «para un hombre como Röhm, que ha vivido por años en el trópico, dicha enfermedad —pues no puedo calificar de otra manera aquella desafortunada inclinación—, no puede ser tan duramente juzgada como en otros (...) su vida privada no me interesa mientras conserve la discreción necesaria.»
Una tercera postura fue la del futuro Jefe de la Cancillería del NSDAP y Reichsleiter Martin Bormann, quien atacaba a Röhm por sus ideales políticos prestando nula importancia a su condición sexual, como lo expresa en una carta dirigida a Rudolf Hess de octubre de 1932:
«Para mí y para todos los verdaderos nacional-socialistas, sólo cuenta el movimiento, nada más (...) Me da igual si alguien tiene relaciones con los elefantes de la India o los canguros de Australia. No me importa (...) Aquel que lo daña al movimiento es una peste y mi enemigo.»
A modo de respuesta, diputados nacional-socialistas propinaron una paliza a Helmuth Klotz, político socialdemócrata y antiguo miembro del NSDAP responsable de la publicación de la correspondencia de Röhm en el edificio del Reichstag en mayo de 1932.
El asunto de la homosexualidad de Röhm se torna entonces en la justificación perfecta que los jerarcas nacional-socialistas ofrecen a una sociedad puritana, siendo incluso que gran parte de la oposición antifascista en el exilio abrazó el discurso oficial ofrecido por el NSDAP que denunciaba las preferencias sexuales de Röhm que hasta entonces habían sido en buena parte toleradas. El nacionalista paneuropeo Douglas P., fundador del grupo de neofolk inglés Death in June, además de admirador y estudioso de la obra y vida de Röhm, comenta este panorama de la siguiente manera:
«Tuve una conversación con un entonces miembro de las SS que (...) estuvo presente en esos primeros días en la década de 1930 en Alemania, y dijo que durante la Noche de los cuchillos largos nunca se planteó la cuestión de la homosexualidad. La cuestión gay apareció sólo después de la purga de Ernst Röhm y sus camaradas como una especie de excusa adicional inventada por Goering y Goebbels de por qué era necesaria tal purga.»
Ya en la posguerra, la figura de Röhm fue acogida por elementos de la escena neo-nazi internacional que renegaban de la imagen de Hitler, condenando además la purga llevada a cabo contra las SA a favor de un nacional-socialismo previo al de la Noche de los cuchillos largos. Este fue el caso de Michael Kühnen, elemento fundacional del neo-nazismo alemán y militante homosexual que abogó por la tradición de camadería masculina de las SA. Además, Kühnen atribuyó el fracaso del Tercer Reich a la purga de Röhm y su círculo. Kühnen atribuyó a Röhm La Segunda Revolución, programa del Frente de Acción de los Nacionalsocialistas, grupo neo-nazi que además basó su organización en el modelo de las SA previo a 1933.